加盟、連鎖店鋪需要辦理商業特許經營備案，原因主要體現在以下幾個方面：

合法合規經營的基礎：根據《商業特許經營管理條例》等相關法規，從事加盟、連鎖經營活動的企業必須向商務主管部門進行備案，取得特許經營資格后，方可合法地開展特許經營活動 。未經備案從事特許經營活動屬于違法行為，企業會面臨相應的法律責任和處罰，如被責令限期備案，并處以 1 萬元以上 5 萬元以下的罰款；逾期仍不備案的，處 5 萬元以上 10 萬元以下的罰款123.

加強知識產權保護： 備案過程中，企業需要提交相關的商標權、專利權、專有技術等經營資源的證明文件。這有助于明確企業對其知識產權的擁有權和使用權，加強對企業知識產權、經營模式以及特許經營體系的保護，防止他人未經授權擅自使用或模仿，從而維護企業的核心競爭力510.

減少加盟亂象：辦理商業特許經營備案，要求企業具備成熟的運營模式，并至少有兩家直營店且經營滿一年等條件，這有助于篩選出具有一定實力和經驗的企業進入加盟市場，減少不成熟的項目通過加盟模式進行欺詐的現象，保障加盟人的權益，促進加盟行業的健康發展1510.

增加競爭優勢：取得商業特許經營備案的企業，在市場競爭中更容易獲得優勢地位。備案信息在商務部網站進行公示，增加了企業的品牌曝光率，能夠吸引更多的加盟商和投資者關注，從而為企業拓展市場、擴影響力、提升市場份額創造有利條件569.

在商務部進行了商業特許經營備案，能有效保護企業品牌不受到他人侵害，更大程度的加強了對公司知識產權及經營模式、特許經營體系的保護。