公司企業股權轉讓的稅務申報需要注意以下問題：

1. 確定納稅主體及稅種：

2. 個人股東：轉讓股權需要繳納個人所得稅和印花稅。個人所得稅以股權轉讓方為納稅人，受讓方為扣繳義務人；印花稅則由轉讓方和受讓方雙方繳納。

3. 企業股東：企業作為持股主體轉讓股權需要繳納企業所得稅和印花稅。企業所得稅按轉讓股權收入扣除取得該股權所發生的成本后的余額計算，印花稅同樣由交易雙方繳納。

4. 準確計算計稅依據：

5. 個人所得稅：個人轉讓股權，以股權轉讓收入減除股權原值和合理費用后的余額為應納稅所得額，按 “財產轉讓所得” 繳納個人所得稅，稅率為 20%2。這里的股權原值需根據股東的實際出資情況、股權取得方式等確定，合理費用主要包括個人轉讓股權時按規定繳納的稅金、憑合法票據實際支付的中介服務費、資產評估費及其相關的其他合理費用，但已作為被投資企業成本費用核算的稅費支出除外。

6. 企業所得稅：企業轉讓股權所得為轉讓股權收入扣除為取得該股權所發生的成本后的余額，但不得扣除被投資企業未分配利潤等股東留存收益中按該項股權所可能分配的金額4。

7. 印花稅：印花稅的計算基數為股權轉讓合同所載金額，稅率為萬分之五246。

8. 關注納稅義務發生時間：

9. 對于企業股東，根據國稅函〔2010〕79 號文件規定，企業轉讓股權收入，應于轉讓協議生效且完成股權變更手續時，確認收入的實現，此時納稅義務發生。

10. 對于個人股東，根據《股權轉讓所得個人所得稅管理辦法（試行）》第二十條規定，出現受讓方已支付或部分支付股權轉讓價款、股權轉讓協議已簽訂生效、受讓方已經實際履行股東職責或者享受股東權益等情形之一的，扣繳義務人、納稅人應當依法在次月 15 日內向主管稅務機關申報納稅。

11. 注意股權轉讓價格的合理性：

12. 如果股權轉讓價格明顯偏低且無正當理由，稅務機關有權核定股權轉讓收入37。例如，申報的股權轉讓收入低于股權對應的凈資產份額、低于初始投資成本或低于取得該股權所支付的價款及相關稅費等情形，可能被認定為股權轉讓收入明顯偏低7。

13. 對于平價轉讓、折價轉讓等情況，要準備好相關證明材料，以證明交易的合理性6。例如，股東是直系親屬關系的低價轉讓，需要提供相關證明67。

14. 合同中的稅費承擔約定：

15. 股權轉讓雙方可以在合同中約定稅費的承擔方，但這種約定并不能改變納稅義務人的法定納稅義務。如果非納稅義務人未履行稅費承擔條款，造成稅款未及時申報、繳納，稅務機關仍會要求實際的納稅義務人承擔相關的補交稅款、滯納金乃至稅收罰款的責任。

16. 資料的完整性和真實性：

17. 稅務申報時需要提供股權轉讓協議、股東身份證明、資產負債表、驗資報告（如有實繳資本）等相關資料，要確保這些資料的真實、完整、準確。

18. 如果提供虛假資料或進行虛假申報，將面臨稅務處罰7。

19. 不同地區的稅收政策差異：不同地區可能會有一些特殊的稅收政策或優惠政策，例如印花稅的減免、企業所得稅的優惠等，需要關注當地的稅收政策并按規定享受相關優惠4。

20. 稅務申報的流程和時間：

21. 了解當地稅務機關的申報流程和要求，按照規定的時間和方式進行申報和繳納稅款，避免因逾期申報或繳納而產生滯納金和罰款。

22. 對于一些復雜的股權轉讓交易，可能需要提前與稅務機關溝通，確保申報的順利進行。